美里以及她的反NERV組織Wille來到巴黎，這裡被核心染成紅色，奇蹟號戰艦的船員降落在安全塔上，他們只有720秒能修復這個城市。NERV的福音戰士群出現時，真理的EVA改八號機進行攔截，與此同時，真嗣、明日香和零（暫稱）在日本的土地上徘徊。

因時隔百年出現的奇居子，人類再次面臨滅亡危機。在融合個體白羽衣紬與操縱士谷風長道的活躍下，希德尼婭的人們享受了一段短暫的和平。 但是艦長小林明白，只要奇居子還在，和平的日子就不會長久。於是她發起了賭上人類存亡的最後決戰——為了保護所愛的人，希德尼婭的最後一場戰鬥終於開始。