在那风之都市，无数暗影潜行，　　曾几何时，一名硬汉在黑夜驰骋，独自背负罪孽，不顾双手班污，只为驱逐邪恶，替活于日光下的民众换取和平。　　直至命运的邂逅，让他遇上某位满腔热血的半吊子　　少年，　　引导出“起始之夜”(Begin’s Night)，促使首位　　二为一体的蒙面超人诞生—一　　“来，细数你的罪恶吧!”

出擊的EVA暫定五號機、被分發部屬的EVA二號機與其駕駛、消滅的EVA四號機。強制進行的EVA三號機啟動實驗，以及自月球飛來的EVA六號機與其駕駛。逐漸崩潰的碇真嗣的故事，究竟會通往何種結局？