為了拯救人類，恩茲華斯決定犧牲美遊；為了保護美遊，士郎不惜與世界以及恩茲華斯為敵。面對相互對立的兩種正義伊莉雅立誓要找出方法，守護這一切！為了創造能與夥伴共同歡笑的未來，魔法少女們的戰鬥將再次展開......

剧情承接动画第二季和特别篇