正当Keroro小队们向着第四年TV动画进发时，其第二部剧场版《超剧场版Keroro军曹2 深海的公主、是也！》即将于3月17日开始在日本上映。继宣扬“友情”最高的第一弹剧场版结束之后，此次剧场版将大力宏扬伟大的家族之爱。　　终于水之惑星马隆星开始了对地球的侵略。马隆星的末裔Meru王子和他的随从Maru，常年2个人生活的他们决定寻重建他们的世界，于是他们开始寻找公主的候补人选。而被选中的竟然是Keroro小的队所居住的日向家的长女，日向夏美！Keroro一行开始向着深海所在的秘密王国出发，解救被掳走

令半數人類死亡的「第二次衝擊」發生15年後，14歲的少年碇真嗣被父親碇源堂召來第三新東京市，要求他駕駛初號機與使徒對抗。雖然他採取反抗態度，但在看到要替補他的女性駕駛員綾波零的傷勢後，終於決意出擊……