譚雅‧馮‧提古雷查夫少校率領的帝國軍第二〇三航空魔導大隊，出征前往南方大陸討伐共和國軍餘黨。 聯合王國主導的多國籍義勇軍踏入了聯邦內部。敵人的敵人就是親愛的朋友。在國家理性的引導下，他們走向多舛的命運，其中有一名少女，就是瑪麗‧蘇准尉。她為了向殺害父親的帝國討回正義，因而拿起槍桿。

一間盛開著白色山茶花的女子貴族學校，但看在伊莎貝拉約克眼中，這個以高牆隔絕外界的校園，就彷彿是「牢籠」般的存在…。這時，提供「自動手記人偶」服務的薇爾莉特伊芙加登，受到約克家雇用，來到這所校園，協助她在社交圈的首次亮相能夠圓滿成功。然而這位陷入絕望的少女，似乎有一段埋藏在心中的過去…。

魔王歸來！光和2年，世界以重組成的超合眾國為中心，過著和平的日子，但這份來之不易的和平卻十分短暫。朱雀作為蒙面人Zero，陪同娜娜莉探訪難民時遭遇不知名的敵對人型自在戰鬥裝甲騎襲擊，兩人最後被擄走。而另一方面，奉修奈傑爾密令潛入戰士之國－齊爾茨斯庫蒙王國的卡蓮、羅伊德和咲世子等三人也遭到了使用GEASS的敵人攻擊，此時他們遇見了同樣遭到襲擊的前團主C.C.。以曾經打敗過神聖不列顛尼亞帝國大軍的無敵王國為舞台，所要描繪出的是希望，還是絕望？熟知GEASS奧秘的齊爾茨斯庫蒙王室，以及C.C.究竟有什麼