C.E.75 ，战斗还在持续着。　　来自独立运动“蓝色宇宙”的进攻……　　为将事态平息，以拉克丝为第一任总裁的世界和平监视组织·COMPASS　成立，基拉等人作为其中的一员介入各地的战斗。　　就在这时，新兴国家“凡恩戴森”提出对“蓝色宇宙”根据地的联合作战。

C.E.70年，由于“血腥情人节”惨剧而发展成为正式的武力冲突，Z.A.F.T.与地球联合之间的战斗炽烈之极、牺牲之巨，扩大至第二次雅金·杜威攻防战后双方缔结停战条约，方才平息；然而，此一停战条约无法消去自然人与调整者纷争的火种。这场战乱中，真‧飞鸟被卷入地球联合军对奥卜的侵攻，双亲和妹妹在逃离战火途中消失在自己眼前。悲恸欲绝地紧握著唯一的遗物‧妹妹的移动电话，头上呼啸飞去的是这场战争的元凶“机动战士敢达”。失意的他自奥卜离去，前往P.L.A.N.T.。然后C.E.73年，他成为Z.A.F

所谓SEED，全写为Superior Evolutionary Element Destined-factor，即“高度进化要素遗传因子”。C.E.70年，由于“血腥情人节”惨剧的发生，地球方面与P.L.A.N.T.爆发了持续近一年的战争。主角基拉·大和所在的殖民卫星“赫立奥波利斯”（Heliopolis）突遭儿时好友亚斯兰·萨拉（Athrun Zala）所属的Z.A.F.T.特殊部队进攻，二位男主角的重遇成为故事的开端。P.L.A.N.T.在“血腥情人节”后发动的独立战争，其战略为先将“