所谓SEED，全写为Superior Evolutionary Element Destined-factor，即“高度进化要素遗传因子”。C.E.70年，由于“血腥情人节”惨剧的发生，地球方面与P.L.A.N.T.爆发了持续近一年的战争。主角基拉·大和所在的殖民卫星“赫立奥波利斯”（Heliopolis）突遭儿时好友亚斯兰·萨拉（Athrun Zala）所属的Z.A.F.T.特殊部队进攻，二位男主角的重遇成为故事的开端。P.L.A.N.T.在“血腥情人节”后发动的独立战争，其战略为先将“

大山武（前野智昭 配音）即将进入天日学园就读，在这所由女子学校改制而来的综合学校中，由其喜爱女孩子胸部的大山感到如鱼得水。在天日学园里，除了每天要学习的文化课程外，同学们还要学习掌握运用“元素”的技巧

　　故事发生在2029年，被病毒袭击的日本陷入了混乱之后被名为“GHQ”的暴力组织全面接手，政府逐渐成为了傀儡。在这样动荡的大环境下，樱满集（梶裕贵 配音）只是一名平凡的高中生，过着属于他的平凡生活，